Założenie klubu przypada na luty 1900, co miało miejsce za sprawą jednego z berlińczyków i jedenastu piłkarzy, którzy zaraz po konflikcie w jednym z klubów monachijskich odeszli od niego. Drużyny zaczęła wzbogacać się około 1907 roku, kiedy miejsce miały przenosiny do nowej Siedziny na ulicę leoparda. Ich historycznym pierwszym osiągnięciem było wygranie z klubami, które znajdowały się w innych częściach Monachium oraz zajęcie najwyśzego miejsca w mieście. Na większy sukces musieli jednak poczekać jeszcze kilka lat, kiedy udało im się wygrać mistrzostwa regionu wschodniego, a w roku następnym ten tytuł obronić. W tamtym okresie posiadali już reprezentanta, był nim mianowicie Max Gablonsky, który zadebiutował w meczu Niemiec, przeciwko Belgii, który ci pierwsi przegrali trzy do zera. Wkrótce następuje bardzo szybki rozwój klubu, od roku 1920 bayern powoli zaczął stawać się największym i najważniejszym klubem w Monachium, a potem na terenie Bawarii. W roku 1926 udało im się wygrać mistrzostwa południowych Niemiec, a w roku 1932 zdobyli swój pierwszy tytuł mistrza w historii, co spowodowało wzrost popularności bayernu w Niemczech. Wtedy nastąpił jednak czas drugiej wojny światowej co z pewnością odwróciło uwagę wszystkich od problemów piłki nożnej oraz zainteresowanie nią w tym okresie gwałtowanie spadło co jest logicznym.