Ze względu na geograficzne rozmiary Afryki, CAF jest podzielony na sześć federacji regionalnych:
Rada Związków Piłkarskich Afryki Wschodniej i Środkowej (CECACAF) – odpowiada za utrzymanie funkcjonujących zasad CAF na terenie państw Afryki Wschodniej i niektórych państw znajdujących się na terenie Afryki Środkowej.
Rada Związków Piłkarskich Afryki Południowej (COSAFA) – odpowiada za utrzymanie funkcjonujących zasad CAF na terenie państw Afryki Południowej i znajdujących się w tym obrębie wysp.
Unia Związków Piłkarskich Afryki Zachodniej (WAFU) – jeden z dwóch instytucji, które reprezentują narody znajdujące się w Afryce Zachodniej.
Unia Federacji Afryki Północnej (UNAF) – reprezentuje narody znajdujące się w Afryce Północnej.
Union des Federacje du Football de l’Afrique Centrale (UNIFFAC) – przedstawia niektóre narody, które położone są na terenie Afryki Środkowej.
Unii du Football Afrique de l’Ouest – druga z instytucji odpowiadająca za prezentowanie krajów leżących w Afryce Zachodniej.