FIFA jest związkiem ustanowionym na mocy prawa szwajcarskiego. Jej siedziba znajduje się w Zurychu.
Najwyższym organem FIFY jest Kongres FIFY. Jest to zespół złożony z przedstawicieli każdego członka stowarzyszenia. Kongres zbiera się na sesję zwyczajną raz w roku, a ponadto nadzwyczajne sesje odbywają się raz w roku od 1998 roku. Jedynie Kongres może wprowadzić zmiany statutu obowiązującego w FIFA.
Kongres wybiera prezesa FIFA, jej sekretarza generalnego i innych członków Komitetu Wykonawczego. Przewodniczący i Sekretarz Generalny są odpowiedzialni za działanie i funkcjonowanie organizacji, jaką jest FIFA. Również za dzienne działanie organizacji odpowiada Sekretariat Generalny.
Komitet Wykonawczy FIFA, której przewodniczy prezydent, jest głównym organem decyzyjnym organizacji podczas sesji Kongresu. Na całym świecie występują również inne jednostki organizacyjne FIFY, które działają z upoważnienia Komuitetu Wykonawczego lub są tworzone przez Kongres i działają jako stałe komisje. Wśród tych struktur można wymienić Komisję Finansów, Komisję Dyscyplinarną, Komitet Sędziowski.
Oprócz instytucji ogólnoświatowej, istnieją również konfederacje nadzorujące rozgrywki na poszczególnych kontynentach i różnych regionach.
W sumie, FIFA uznaje 208 stowarzyszeń krajowych i towarzyszących im męskich drużyn, oraz 129 zespołów kobiet. Co ciekawe, w strukturach FIFY członkostwo swoje ma więcej państw niż w Organizacji Narodów Zjednoczonych. FIFA uznaje również kilka podmiotów niepaństwowych jako odrębne narody. Są to przede wszystkim tzw. Home Nationation Zjednoczonoego Królestwa (wymienione wyżej Anglia, Walia, Szkocja i Irlandia Północna).